ПАРАЛЛЕЛЬНЫЙ АЛГОРИТМ ГЛОБАЛЬНОГО ВЫРАВНИВАНИЯ С ОПТИМАЛЬНЫМ ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПАМЯТИ

14 сентября 2018
143
Предметная область
Выходные данные
Ключевые слова
Вид публикации Статья
Контактные данные автора публикации АБУ-ХАЛИЛ Ж.М., МОРЫЛЕВ Р.И., ШТЕЙНБЕРГ Б.Я.
Ссылка на публикацию в интернете elibrary.ru/item.asp?id=18829045

Аннотация

Статья относится к сравнительно молодой и быстро развивающейся науке биоинформатике и представляет еще один алгоритм глобального выравнивания двух нуклеотидных последовательностей. Алгоритмы глобального выравнивания лежат в основе многих метрик в пространствах нуклеотидных последовательностей и используются при построении филогенетических деревьев. Данный алгоритм отличается от известных тем, что он адаптирован к распараллеливанию на многоядерные процессоры и ускорители. В работе выполнена программная реализация алгоритма и приводятся результаты численных экспериментов. Еще одно отличие алгоритма состоит в возможности настраиваться на объем имеющейся памяти. Данный алгоритм использует процедуры двух известных алгоритмов: Хиршберга и Нидлмана-Вунша. Это позволяет достигать максимального быстродействия при заданных ограничениях на используемую память.
Подробнее
Для того чтобы оставить комментарий необходимо авторизоваться.