БИОИНФОРМАЦИОННЫЙ ПОИСК ВЗАИМОСВЯЗАННЫХ СЦЕНАРИЕВ В ОРГАНИЗАЦИИ КОДИРУЮЩЕЙ И НЕКОДИРУЮЩЕЙ БЕЛОК ДНК В ОТВЕТ НА ОКИСЛИТЕЛЬНЫЙ СТРЕСС

Данное исследование посвящено биоинформационному поиску новых регуляторных структур в некодирующей ДНК, расположенной вокруг паттернов генов, существенно изменивших уровень экспрессии в ответ на окислительный стресс. Выдвинута гипотеза, что все гены, повысившие экспрессию в ответ на окислительный стресс, могут иметь одинаковые мотивы в некодирующей ДНК. Для поиска мотивов была создана интегрированная коллекция баз данных транскрипционных сайтов связывания – JASPAR, TRANSFAC, Нocomoco ТФ Homo sapiens, Uniprobe ТФ Mus musculus. Исследованы два типа регуляторных областей: промоторные области и последовательности с захватом потенциальных цис-регуляторных модулей. В регуляторных областях всех генов, повысивших экспрессию в ответ на окислительный стресс, в отличие от генов, не изменивших уровень экспрессии, выявлены транскрипционные факторы семейств SOX(1-30) и HX (A, B, C, D).