Кинетические закономерности взаимодействия AP-эндонуклеазы из Saccharomyces cerevisiae с ДНК-субстратами

Апуриновая/апиримидиновая эндонуклеаза из дрожжей Saccharomyces cerevisiae Apn1 - один из ключевых ферментов, участвующих в эксцизионной репарации оснований (ЭРО). Основная функция данного фер- мента заключается в расщеплении фосфодиэфирной связи с 5-стороны от апуринового/апиримидинового сайта (АР-сайта) в двуцепочечной ДНК, приводя к образованию одноцепочечного разрыва с 3-гидроксильным и 5-дезоксирибозофосфатным концами. В настоящей работе исследовали конформационную динами- ку ДНК-субстратов в ходе взаимодействия с Apn1 и кинетический механизм данного процесса. Для этого использовали метод «остановленной струи» с регистрацией интенсивности флуоресценции остатков 2-ами- нопурина и пирролоцитозина, содержащихся по соседству или напротив повреждения. Обнаружено, что обе цепи ДНК претерпевают ряд быстрых изменений при взаимодействии с Apn1, а положение флуоресцентных аналогов оснований в цепи ДНК не влияет на каталитическую стадию реакции, катализируемой Apn1. Сравнение полученных данных для Apn1 с имеющимися в литературе для человеческой Аре1 обнаружило различия в их взаимодействии с ДНК-субстратами.