Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina
Первухин Сергей Васильевич
14 сентября 2018
218
Предметная область | — |
Отрасли по ОКВЭД | — |
Страна, регион, город | Российская Федерация, Красноярский край, Красноярск |
Отличия от конкурентов | — |
Вид документа об охране ИС | программа для ЭВМ |
Номер документа ИС | 201566206 |
Дата регистрации документа ИС | 2015-11-16 |
Необходимые инвестиции для внедрения | договорная |
Сроки внедрения | — |
Стоимость предоставления технологии | договорная |
Наличие экспертного заключения | Нет |
Польза для потенциального потребителя
Программный комплекс предназначен для определения размера библиотек (insert size) парных ридов (англ. reads), как paired-end так и matepair, полученных с секвенатора Illumina второго поколения. Программный комплекс использует для своей работы набор программных утилит с открытым кодом, таких как Bowtie 2, BWA, Samtools, GNUPLOT. Область применения - анализ геномных данных. Программа позволяет: работать с файлами последовательностей ридов в формате *.fastq или *.fasta совместно с файлами последовательностей генома в формате *.fasta; генерировать график и гистограмму, с помощью которых можно визуально определять, какого размера была получена библиотека после процесса секвенирования; вычислять расстояния (в целочисленном формате) между всеми парными ридами, которые выравнивались на геном, и записывать их в файл. Производить ограниченную пользователем по размеру выборку значений из всех расстояний, сортировать и записывать в отдельный файл для последующей визуализации; формировать статистический отчет и отчет об ошибках.