Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina

Первухин Сергей Васильевич
14 сентября 2018
151
Предметная область
Отрасли по ОКВЭД
Страна, регион, город Российская Федерация, Красноярский край, Красноярск
Отличия от конкурентов
Вид документа об охране ИС программа для ЭВМ
Номер документа ИС 201566206
Дата регистрации документа ИС 2015-11-16
Необходимые инвестиции для внедрения договорная
Сроки внедрения
Стоимость предоставления технологии договорная
Наличие экспертного заключения Нет

Польза для потенциального потребителя

Программный комплекс предназначен для определения размера библиотек (insert size) парных ридов (англ. reads), как paired-end так и matepair, полученных с секвенатора Illumina второго поколения. Программный комплекс использует для своей работы набор программных утилит с открытым кодом, таких как Bowtie 2, BWA, Samtools, GNUPLOT. Область применения - анализ геномных данных. Программа позволяет: работать с файлами последовательностей ридов в формате *.fastq или *.fasta совместно с файлами последовательностей генома в формате *.fasta; генерировать график и гистограмму, с помощью которых можно визуально определять, какого размера была получена библиотека после процесса секвенирования; вычислять расстояния (в целочисленном формате) между всеми парными ридами, которые выравнивались на геном, и записывать их в файл. Производить ограниченную пользователем по размеру выборку значений из всех расстояний, сортировать и записывать в отдельный файл для последующей визуализации; формировать статистический отчет и отчет об ошибках.