Программа полипептидных циклов в белковых структурах LGS (local geometry solver)

Кудрявцева Анна Викторовна
14 сентября 2018
160
Предметная область
Отрасли по ОКВЭД
Страна, регион, город Российская Федерация, Москва
Отличия от конкурентов
Вид документа об охране ИС программа для ЭВМ
Номер документа ИС 201661190
Дата регистрации документа ИС 2016-02-12
Необходимые инвестиции для внедрения договорная
Сроки внедрения
Стоимость предоставления технологии договорная
Наличие экспертного заключения Нет

Польза для потенциального потребителя

Программа предназначена для замыкания коротких полипептидных циклов в белковых структурах. Замыкание производится с помощью модифицированного метода Го и Шераги. Область применения программы: ликвидация пропусков полипептидной цепи в белковых структурах, анализ локальной геометрии белков. Функциональные возможности программы: для замыкания цикла в полипептидной структуре, используются два различных подхода — перебор двух пар двугранных углов на регулярной сетке с шагом в один градус и оптимизация этих же пар двугранных углов с помощью метода Поуэлла. Пользователь задает интересующий его PDB-файл и номер аминокислоты, которая соответствует началу замыкаемого цикла. Программа же возвращает четверку углов фи и пси, полученных в ходе перебора и другую четверку углов фи и пси, полученных в ходе оптимизации. Для ускорения работы, в особенности метода перебора по сетки, программа разрабатывалась для запуска в несколько параллельно работающих потоков. Количество потоков определяется пользователем при старте программы. Эта особенность позволяет значительно сократить время работы программы при работе на многопроцессорном кластере.