Программа полипептидных циклов в белковых структурах LGS (local geometry solver)

Программа предназначена для замыкания коротких полипептидных циклов в белковых структурах. Замыкание производится с помощью модифицированного метода Го и Шераги. Область применения программы: ликвидация пропусков полипептидной цепи в белковых структурах, анализ локальной геометрии белков. Функциональные возможности программы: для замыкания цикла в полипептидной структуре, используются два различных подхода — перебор двух пар двугранных углов на регулярной сетке с шагом в один градус и оптимизация этих же пар двугранных углов с помощью метода Поуэлла. Пользователь задает интересующий его PDB-файл и номер аминокислоты, которая соответствует началу замыкаемого цикла. Программа же возвращает четверку углов фи и пси, полученных в ходе перебора и другую четверку углов фи и пси, полученных в ходе оптимизации. Для ускорения работы, в особенности метода перебора по сетки, программа разрабатывалась для запуска в несколько параллельно работающих потоков. Количество потоков определяется пользователем при старте программы. Эта особенность позволяет значительно сократить время работы программы при работе на многопроцессорном кластере.