Программа построения базисных деревьев для плохо обусловленного набора исходных деревьев генов - BASIS3GL
Астафьева Ирина Николаевна
14 сентября 2018
313
| Предметная область | — |
| Отрасли по ОКВЭД | — |
| Страна, регион, город | Российская Федерация, Москва |
| Отличия от конкурентов | — |
| Вид документа об охране ИС | программа для ЭВМ |
| Номер документа ИС | 201466259 |
| Дата регистрации документа ИС | 2014-12-03 |
| Необходимые инвестиции для внедрения | договорная |
| Сроки внедрения | — |
| Стоимость предоставления технологии | договорная |
| Наличие экспертного заключения | Нет |
Польза для потенциального потребителя
Программа является частью параллельного программного комплекса для согласования больших наборов эволюционных деревьев и построения сценария эволюции - AMALGAM3GL. Программа разработана специально для случаев плохо обусловленных входных геномных данных, когда невозможно однозначно реконструировать сценарий совместной эволюции регуляторных систем и биологических видов, используя быстрые квазиоптимальные алгоритмы, положенные в основу других программ комплекса. На вход программы поступает набор деревьев (не обязательно двоичных), отражающих эволюцию генов или иных биологических атрибутов организмов. В результате работы программы строится набор базисных деревьев не только по всему множеству видов в исходном наборе деревьев генов, но и отдельно по всем его подмножествам. При этом в окончательный набор базисных деревьев включаются только те, которые содержат в точности все виды текущего подмножества. Получаемый набор базисных деревьев является биологически более достоверным, и для него в дальнейшем можно строить супердерево с помощью других программ комплекса - SUPER3GL или EMBED3GL. Программа предназначена прежде всего для параллельных вычислений на суперЭВМ с поддержкой стандартной среды MPI; при отсутствии среды MPI и на ПЭВМ она работает в однопроцессорном режиме, позволяя обрабатывать данные небольшой размерности.