Программа построения базисных деревьев для плохо обусловленного набора исходных деревьев генов - BASIS3GL

14 сентября 2018
187
Предметная область
Отрасли по ОКВЭД
Страна, регион, город Российская Федерация, Москва
Отличия от конкурентов
Вид документа об охране ИС программа для ЭВМ
Номер документа ИС 201466259
Дата регистрации документа ИС 2014-12-03
Необходимые инвестиции для внедрения договорная
Сроки внедрения
Стоимость предоставления технологии договорная
Наличие экспертного заключения Нет

Польза для потенциального потребителя

Программа является частью параллельного программного комплекса для согласования больших наборов эволюционных деревьев и построения сценария эволюции - AMALGAM3GL. Программа разработана специально для случаев плохо обусловленных входных геномных данных, когда невозможно однозначно реконструировать сценарий совместной эволюции регуляторных систем и биологических видов, используя быстрые квазиоптимальные алгоритмы, положенные в основу других программ комплекса. На вход программы поступает набор деревьев (не обязательно двоичных), отражающих эволюцию генов или иных биологических атрибутов организмов. В результате работы программы строится набор базисных деревьев не только по всему множеству видов в исходном наборе деревьев генов, но и отдельно по всем его подмножествам. При этом в окончательный набор базисных деревьев включаются только те, которые содержат в точности все виды текущего подмножества. Получаемый набор базисных деревьев является биологически более достоверным, и для него в дальнейшем можно строить супердерево с помощью других программ комплекса - SUPER3GL или EMBED3GL. Программа предназначена прежде всего для параллельных вычислений на суперЭВМ с поддержкой стандартной среды MPI; при отсутствии среды MPI и на ПЭВМ она работает в однопроцессорном режиме, позволяя обрабатывать данные небольшой размерности.